五年的案征追逐化为泡影，随着X档案的国语关闭，福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）和丹娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰）被迫调任处理一些平常的案征欧洲黄色小视频案件。某天，国语美国得州达拉斯市发生一起爆炸案。案征虽然穆德和斯科莉极力疏散写字楼内的国语人群，但爆炸还是案征夺取了4名无辜者的性命，他们也因此受到上级的国语指摘。然而事后不久，案征欧洲黄色小视频穆德便得知4名牺牲者早在爆炸之前便已死亡，国语所谓爆炸案不过是案征某个神秘部门为了掩盖证据而实施的骗局。该部门据说多年来一直从事外星人的国语研究，并且他们的案征研究足以导致人类的毁灭。两名搭档决定彻查此事，国语但是案征神秘且难以抗拒的力量无时无刻不在阻挠他们追寻真相的脚步…… 本片为同名美剧的第一部剧场版。
